黒歴史=地球が一度埋葬された時、その再生を待つべく月へ一時移住した月の民ムーンレィスの少年・ロランは、フラン、キースと共にモビルスーツフラットでその時を迎えた地球に先発調査隊として降り立ち、産業革命真っ直中のアメリア大陸ビシニティの鉱山主・ハイム家で働くこととなった。2年後、彼がハイム家の次女・ソシエと成人式に出席した夜、月の軍隊ディアナ・カウンターが地球帰還作戦を開始し、地球の自警軍ミリシャとの間で戦争を始めた。そしてその攻撃に呼応するかのように、成人式の神像ホワイトドールの中から、黒歴史の遺産である巨大な機械人形∀ガンダムが出現。ロランは、導かれるままそのパイロットとなって地球側に立ち、ディアナ・カウンターと戦うことになってしまう。それから暫くして、月の女王・ディアナが地球にやって来た。ある日、ほんのいたずら心で自分に瓜二つのソシエの姉・キエルと入れ替わることを思いついた彼女。しかし、そのことによってディアナとキエルは地球に月の民の国を作るのではなく、ふたつが共存していく道を探すようになるのだった。だが、彼女たちの想いは人民には届かず、ロストマウンテンで発見された核爆弾を巡って愚かな戦いが展開され、∀ガンダムを操縦する腕を磨いたロランの活躍も空しく核爆弾は爆発してしまう。その衝撃のあまりの凄さにショックを受けるロランやディアナたち。人々は、再び黒歴史を繰り返してしまうのだろうか。
