国際平和部隊科学研究所の佐原博士があらゆる災害から人類を守り地球環境を保全すべく建造した、巨人電子頭脳ブレイン。だが、次第に自我と、スプーンから宇宙ロケットに至るまで何でも製造できる超生産能力を持つようになったブレインは、遂には「人類こそが地球を滅ぼす。人類は地球に有害」という結論をはじき出した。「地球にとって最大の災害」である人類の存在を否定し、抹殺すべく、ブレインは開発者の1人であるハスラー教授とともに行方をくらまし、アジトを構えて秘密裏に分身となる巨大ロボットを何体も建造する。しかし、その17番目にしてやはり自我を持つワンセブンはブレインの思考と正反対に「人類だけが地球を救える。人類は地球に有益」と人類を守るべき存在という結論をはじき出した。 ブレインは自分に逆らいかねない危険なワンセブンを封印すると、巨大ロボットを操って破壊活動を開始し、人類抹殺に向けて動き出す。だが、ブレインのローラーロボットの襲撃で家族を失った主人公の少年・南三郎に偶然発見されたワンセブンは、自分を解放してくれた三郎をパートナーとし、ブレインの攻撃から人類を守るべく戦うことになる。
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