『カレーパンマンとまほうのふで』 しょくぱんまんの絵を描いていたドキンちゃんをばいきんまんが邪魔してしまい、怒ったドキンちゃんはクレヨンを握り潰してしまう。ばいきんまんは、ばいきん仙人からドキンちゃんの頼みを口実に「魔法の筆」を借りて、大騒動を起こす。 『しょくぱんまんとにせしょくぱんまん号』 しょくぱんまんに思いを寄せているドキンちゃんは、しょくぱんまんが町のみんなから好かれていることに嫉妬する。そんな彼女に八つ当たりされたばいきんまんはしょくぱんまんに逆恨みし、彼の評判を落とそうと「バイキンしょくぱんまん号」を製作、本物とすり替えた。バイキンしょくぱんまん号は行く先々で問題を起こし、ついには暴走を始めるが…。
