西暦2984年、宇宙に移民した人類と地球上で増殖した機械生命との戦いは、機械生命側が最終兵器・イルルニュを建造したことで熾烈を極めていた。地球に降下した人類側の自律ロボット兵器・シャイアンはイルルニュの破壊に成功するが、高位クラスの機械生命体・エルメダインによってパートナー・キト松本を失い、脱出を断念して地上で眠りに就いた。 1000年後、付近を通りかかった天津甘栗好きの少女・イクールに反応して目覚めたシャイアンは、城塞都市ケルトリアと帝国ブラジルとが戦争状態にあること、ブラジル軍の指揮官が宿敵エルメダインであることを知り、イクールと共にケルトリアの傭兵となる。一方、シャイアン復活を知ったエルメダインも配下の機械生命体を復活させ、出撃する。ここに、1000年の時を経て人間機械と機械生命との最終決戦が始まった。
